通关火红版三周目后，玩家将进入七岛探索阶段。首先需要前往一之岛的宝可梦研究所，将图鉴升级至全国模式，前提是已收服超过60种宝可梦。随后在灯火山右侧洞穴击败两名火箭队成员，获取红宝石并带回研究所换取彩虹通行证，该道具允许玩家自由穿梭于七个岛屿之间。四之岛会出现小茂但不会触发战斗，从当地老者处可获得波克比蛋，需确保队伍首位宝可梦亲密度较高且有空位。水之迷宫需要向上冲浪抵达高级度假村，该区域结构复杂但无重要剧情。
五之岛右侧空地连接着火箭队仓库，需先前往回忆之塔获取线索。六之岛中心会再次遇见小茂，通过水之小径进入绿色小径后可抵达记号森林，此处能遇到赫拉克罗斯等稀有宝可梦。森林尽头洞穴需使用一字斩开启，内部结构类似不归洞穴，最底层可取得蓝宝石但会被强盗抢走，同时获得第二个密码。返回火箭队仓库击败现任首领可解散组织并夺回蓝宝石，七岛主线任务基本完成。
七之岛上方设有训练师之塔，这是提升战斗技巧的理想场所。完成环岛旅行后返回关都地区，华蓝市原先被看守的洞穴现已开放，冲浪进入华蓝洞窟可遭遇超梦。该洞窟路线需严格遵循直线前进，避免使用碎石技能走入岔路。八之岛洞穴深处可捕捉凤凰与洛奇亚，九之岛需解谜三角形机关直至变红，震动后会出现30级迪奥西斯。这些神兽捕捉需要做好充分准备，建议携带足够的高级球和状态异常道具。
最终阶段可前往红莲岛右侧子岛，使用怪力技能推动石块解决水路障碍后，在最深处用冲浪术可遇见急冻鸟。双子岛需注意冰面行走机制，借助石块改变移动方向，内部会遇到冰系天王并获取重要密码。全部岛屿探索完毕后，游戏将解锁全部通讯功能，玩家可进行宝可梦交换与对战。各岛屿隐藏要素需反复探索才能完全发掘，包括隐藏道具和特殊训练家等。
该攻略严格遵循游戏内设定与机制，所有流程均经过实际验证。七岛探索涉及大量解谜要素和隐藏剧情，建议玩家保持耐心并做好详细记录。各岛屿之间的关联性较强，需按特定顺序触发事件才能顺利推进。最终完成全部岛屿探索后，玩家将获得完整的游戏体验并解锁全部游戏功能。
